Pääbo erhielt 2018 den Körber-Preis für die Europäische Wissenschaft für seine Pionierleistungen auf dem Gebiet der Paläogenetik, als dessen Begründer er gilt. Zu den bedeutendsten wissenschaftlichen Durchbrüchen des schwedischen Mediziners zählt die komplette Entschlüsselung des Neandertaler-Genoms.
Seine Arbeiten haben unser Verständnis der Evolutionsgeschichte der modernen Menschen revolutioniert. Denn sie trugen wesentlich zu der Erkenntnis bei, dass Neandertaler und andere ausgestorbene menschliche Gruppen einen Beitrag zur Abstammung der heutigen Menschen geleistet haben.
Der erstmals 1985 vergebene Japan-Preis ist mit 50 Millionen Yen (etwa 490.000 Euro) dotiert. Gemäß seiner Statuten kann er an lebende Wissenschaftler aus aller Welt verliehen werden und genießt in Asien und unter Forschern ein hohes Ansehen.
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